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Sujet
    Scientific/Engineering
        Molecular Science

460 projects in result set.
Displaying 20 per page. Projects sorted by activity ranking.
 
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LastUpdate: 2013-02-01 18:37
LAMMPS

LAMMPSは並列計算機のために設計された古典的な分子動力学シミュレータです。これは様々な力場と境界条件を使用して、原子、高分子、生物、金属、中規模システムのモデルを作ることができます。また、簡単に変更したり拡張することができます。

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Activity Percentile: 97.23
Activity Ranking: 15,462
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LastUpdate: 2013-01-05 01:59
Molecular Dynamics Studio

これは分子動力学のセルを簡単に作成するため NanoEngineer 1, PACKMOL と MSI2LMP を統合するために作成されたソフトウェアの変更のコレクションです。NanoEngineer 1 は、Nanorex によって書かれたの分子の CAD ソフトウェアは、ユーザーは分子、原子力の複数のフィールドを使用して入力するユーザーのソフトウェアの変更を許可するを作成する簡単な方法を提供します。PACKMOL は、NanoEngineer 1 の初期の MD セルをこうして提供から分子テンプレートを用いた分子のランダムなコレクションを生成できます。PACKMOL への変更を MSI2LMP ソフトウェアを介して渡される原子型のデータを許可します。MSI2LMP ベース LAMMPS の入力ファイルを作成しますクラス ii 力フィールド。MSI2LMP NanoEngineer 1 で生成された数値符号化の力フィールドのデータの使用に変更されました。MMP ファイル形式は拡張し、すべての 3 つのソフトウェア アプリケーションに統合されました。

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LastUpdate: 2013-06-04 04:36
RasMol

SourceForgeのOpenRasMolプロジェクトは、RasMol (http://rasmol.org )の付属のプロジェクトです。

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Activity Percentile: 94.30
Activity Ranking: 31,778
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LastUpdate: 2013-04-17 14:53
SHORE

海岸では、次世代シーケンシングのデータ分析スイートです。

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Activity Percentile: 99.54
Activity Ranking: 2,538
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LastUpdate: 2012-09-12 18:00
Avogadro

Avogadroは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、およびそれらの関連分野で使用するための高度でクロスプラットフォームな分子エディタです。柔軟なレンダリングのフレームワークと強力なプラグインアーキテクチャを提供しています。

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Activity Percentile: 99.30
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LastUpdate: 2012-01-26 02:22
PDB2PQR

PDB2PQRはPQR形式にPDB形式の蛋白質のファイルを変換するためのプラットフォーム非依存のユーティリティを提供して、連続静電気計算のための構造体を製造する一般的なタスクの多くを自動化Pythonソフトウェアパッケージです。

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LastUpdate: 2009-05-11 15:59
ISPyB

高分子(タンパク質)結晶のX線実験のためのWebベースの情報管理システムです。

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Activity Percentile: 81.56
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LastUpdate: 2013-06-18 10:17
nwbas2ecce

The basis sets included with ECCE have -- as far as I can tell -- not been updated for many years. In addition, many of the newer basis sets that come with nwchem aren't included, such as the def2- series.

nwbas2ecce is a python script that aims to automate as much as possible of the conversion process of a nwchem basis set file into the files necessary for ECCE to included it in the basis set tool.

The process isn't completely automatic, but I also believe that it shouldn't be to avoid stuff-ups -- however, the amount of manual editing is kept to a minimum.

Note that these script are run in the terminal. The screenshot is of the basis set tool in ECCE, not this piece of software.

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LastUpdate: 2013-05-14 00:06
SketchEl

化学構造は、様々なケムインフォマティクスアプリケーションで使用するために、ツールをスケッチ。使用するのに便利で適度に洗練された。 MDL MOLファイルの作成と編集、動画を見るときに適しています。

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Activity Percentile: 99.54
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LastUpdate: 2011-11-04 04:45
Plasmid Entry Form

GUIプログラムはBGMEラボのプラスミドデータベースフォームを作成します。このプログラムは、プラスミド情報を入力するためのデータ入力フォームとユーザーを提示自動的にタンパク質のDNA配列を変換し、それを揃え、テキスト出力ファイルを作成します。

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Activity Percentile: 98.08
Activity Ranking: 10,711
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LastUpdate: 2013-05-21 10:10
Toxtree: Toxic Hazard Estimation

化学物質の毒性の危険を推定するGUIアプリケーション。推定するために異なるアプローチを組み込むプラグインフレームワークが用意されています。化学開発キットを使用することでプラットフォームに依存しない(Javaで書かれた)、。

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Activity Percentile: 99.34
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LastUpdate: 2010-07-15 12:46
Fpocket

Fpocket ボロノイ図に基づく、非常に高速オープン ソース タンパク質ポケット検出アルゴリズムです。プラットフォームは、科学界の新しい採点機能を開発し、ポケットの記述子は、大規模なレベルに抽出する意思に適しています。

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Activity Percentile: 98.60
Activity Ranking: 7,817
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LastUpdate: 2013-06-08 00:45
SASHIMI

刺身プロジェクトがホストしているトランスプロテオームパイプライン(TPPの)、大量の仕様(のMS、MS / MS)をベースプロテオミクスのためのツールの成熟スイート:我々のオープンmzXML形式に生のMSデータから統計的検証、定量化、可視化、コンバータ。

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Activity Percentile: 99.78
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LastUpdate: 2013-03-13 18:05
GSim - tool for NMR spectroscopy

GSim - 可視化処理実験とシミュレーション核磁気共鳴(NMR)スペクトルのためのフリーソフトウェアツールです。

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Activity Percentile: 82.70
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LastUpdate: 2013-06-15 22:08
Molby - A Molecular Modeling Software

Molby is a software for building molecular models on the graphic screen. It works on Mac OS X and Windows. It can import and export files for other computational chemistry softwares such as GAMESS and Gaussian. It can also edit molecules by scripts running on the built-in Ruby interpreter. Official Home Page: http://molby.sourceforge.jp/index-en.html

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Activity Percentile: 76.28
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Register Date: 2010-01-21 01:18
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LastUpdate: 2013-05-01 17:34
FAH-Web-Monitor

宇根アプリケーションのWEBル監視デクライアントのFolding @ホームアンシュール横向きデFAHMONを注ぐ。

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Activity Percentile: 85.38
Activity Ranking: 81,501
EYPID_PROJECT

機械可読形式へのタンパク質 - タンパク質相互作用データを記述してエンコードするために論理モデル。モデルは(UMLの)経路の建物の相互作用の前後interactiongタンパク質の状態に関する情報が含まれている必要があります。

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Activity Percentile: 55.48
Activity Ranking: 115,984
DrugScreener-G

DrugScreener G のグリッド コンピューティングの仮想スクリーニング統合環境です。グリッドを有効に大規模の仮想スクリーニングにユーザーフレンドリーとグリッド コンピューティングにアクセシビリティを強調し、コンクリートのソフトウェア スイートを実装しています。

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Activity Percentile: 34.68
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LastUpdate: 2008-08-08 04:48
QRasmol

QRasMolでRasMolの再実装したものですC + +の更新cmakeのシステムを構築してください。

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Activity Percentile: 31.01
Activity Ranking: 384,586
Crystal Navigator

Webアプリケーションは、クエリビルダの方法で、検索および表示の結晶データとそのプロパティを参照する

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Activity Percentile: 46.47
Activity Ranking: 139,461
460 projects in result set.
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