Développer et de télécharger de Logiciel Open Source

これは分子動力学のセルを簡単に作成するため NanoEngineer 1, PACKMOL と MSI2LMP を統合するために作成されたソフトウェアの変更のコレクションです。NanoEngineer 1 は、Nanorex によって書かれたの分子の CAD ソフトウェアは、ユーザーは分子、原子力の複数のフィールドを使用して入力するユーザーのソフトウェアの変更を許可するを作成する簡単な方法を提供します。PACKMOL は、NanoEngineer 1 の初期の MD セルをこうして提供から分子テンプレートを用いた分子のランダムなコレクションを生成できます。PACKMOL への変更を MSI2LMP ソフトウェアを介して渡される原子型のデータを許可します。MSI2LMP ベース LAMMPS の入力ファイルを作成しますクラス ii 力フィールド。MSI2LMP NanoEngineer 1 で生成された数値符号化の力フィールドのデータの使用に変更されました。MMP ファイル形式は拡張し、すべての 3 つのソフトウェア アプリケーションに統合されました。

Ligmap 分子ドッキングからポーズのシリーズを取るし、サイト ・ エピトープ構造のマッピング手法可能性が高いリガンド結合モードを選択するには、ポーズに適用されます。

このソフトウェアは、小規模の潜在的なエネルギー表面 m サイズ アトミック システム量子非経験的技術を用いたグローバル最適解の検索します。それは Linux クラスター上で MPI 債券回転と分子の平行移動および回転を実行します。

これは、夏の研究室のプロジェクトの一部として帝国大学で取り組んでいるプロジェクトです。うまくいけば、その後も拡張されます。

すべての構造の自由度のほか、頻繁にまた薬物のような分子と自然の製品互変異性体相互変換を受けること。互変異性の実験的研究の巨大な努力と比較して、オープンで自由をアルゴリズムで解決 prototropic 互変異性世代驚くほど稀であります。いくつかの自由に利用可能なソフトウェア パッケージ、出力可能な形態的な空間のサブセットにも不要な事前仮定とリング チェーン互変異性の完全な下で制限します。MolTPC 調節可能な完全に自動化のアプローチこの問題について説明します。

chemkitは特にケムインフォマティクス、分子可視化と分子モデリングの分野で、化学アプリケーション用のオープンソースのソフトウェアライブラリです。

オープン科学的なツール

OFR メソッド電位の平均力 (PMF) (Phys. Rev. E、2011 年、83: 021114) とローカルの拡散係数を決定する操縦された分子動力学法 D(z) (Phys. Rev. E, 2012, 86: 036707) の一種です。OFR AT OFR メソッドから大出力データ ファイルを分析するための迅速かつ便利なプログラムであり、情報が迅速かつ容易に PMF と D(z)、スプレッドシートでの計算に必要なを返します。ソフトウェアの詳細については、次の資料に記載されている: j. 作曲， 231(11): 4355 4364。

QDC（クイックダイレクト方式制御）は、ピーの直接法の最適化された正確な実装です。値シミュレーション中に変更できる動的なパラメータの必要がある場合、それは生化学シミュレーションのために設計されています。

ParamIT 小分子力学力場パラメーター、ドラッグのような CHARMM 全般のフォース フィールド (CGenFF) プロトコル内の分子の開発を支援するツールキットです。開発ツールキット次の方法での研究者の支援: 量子・分子力学プログラム、2） 出力の解析を自動化するためのファイルの入力し、3） 代わりに完全な MM プログラム高速専門の 1 つの使用 1) 複数の作成を自動化します。開発ツールが含まれます: 1） グラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI) と分子-水錯体の生成、2) 半自動周波数解析の象徴的なポテンシャル エネルギー分布行列との比較を使用して最適化された内部の座標は、3） 料金の 3 つのモードで継ぎ手を GUI： マニュアル、モンテカルロ サンプリングまたはブルート フォース、および 4) GUI 継ぎ手二面体の用語。これらのツールの使用法労働努力を減少、手作業による入力エラーを削減、そして正確な MM パラメーター化努力のために必要な時間を削減します。

秩序と無秩序なタンパク質と他の高分子のポリマー特性をモデル化するためのユニークかつ効率的なツールを提供する新たな分子モデリングパッケージ、。ニガヨモギ力場と暗黙の溶剤モデルが含まれています。

ここでは、in silicoで多くのクリックケミストリー反応を行うことができるAutoClickChemと呼ばれる新しいコンピュータのアルゴリズムを、提示する。クリックケミストリー製品のインシリコのモデリングでは合理的薬物設計と創薬の最適化に有用であろう。

MDcoreは、分子動力学エンジンのコア機能を実装するオープンソースのライブラリです。エンジンは、本質的にマルチスレッド化されているとmulti-processor/multi-core共有メモリアーキテクチャ上で効率的に実行されます。

ほぼすべての自由に利用できる科学ソフトウェア適切なグラフィカル ユーザー インターフェイスの欠乏に苦しみます。NAMD 大規模分子システムの並列分子動力学コードです。ただし、共通の NAMD シミュレーション ジョブを設定、使いやすいインタ フェース VMD のプラグイン NAMD グラフィカル インターフェイスを提供、結果を分析して、テキストの出力をより便利なのグラフィック表現に変換の場合、我々 は完全な解決策はありません。Web の閲覧いくつかログ ファイル パーサーから離れてないこと適切な GUI ベース分析ツールを明らかにします。NAMDView のメイン ターゲットは、GUI ベースの分析を提供しているし、NAMD のための可視化ツール出力ファイル、ログ ファイルなど自由エネルギー計算出力ファイルなど。

完全非対称単純排他過程の可視化。

分子グラフィックス、最適化、分子動力学、量子化学。分子モデルの構築。明示的および暗黙的な水のモデル。 http://www.biomolecular-modeling.com/Products.html

シクロデキストリン誘導体の空洞アクセシビリティのコンピューティングでは、オープン ソース ソフトウェア

確率論的 Pi マイクロソフトによって作成されたマシン （スピム） 生物学的過程をモデル化するためのプログラミング言語です。2 つのツールは、シミュレーションをマイクロソフトから入手可能です。Web アプリケーション Visual スピムとバーチャル アプリケーション スピム プレーヤー。両方のシミュレーション ツールは、Windows プラットフォーム上で実行する必要があります。幸いにも Microsoft も Linux 用コマンドライン版をリリースしました、しかし、シミュレーション結果の CSV ファイル出力されますこのバージョンのみ OCAML で Mac OS をベースします。提供 SPiM2Eclipse 橋スピムをシミュレーションを 1 クリックで完了することができますコマンドラインから実行する、埋め込みのプロットの結果を表示します。機能:-、Eclipse のプラグインとしてすべての Eclipse を使用する強力な機能があります。-構文の色分け - 1 つを強調-スピムを参照してください詳細については、公式プロジェクトのウェブサイトでプロットのシミュレーション] をクリックします: http://research.microsoft.com/en-us/projects/spim/